對於已經確診乳腺癌，不管是經過手術還是沒有經過手術，都要進行臨床的分期以及乳腺腫瘤的細胞學分級、分子分型等等，以備將來需要全身的綜合治療。乳腺的惡性腫瘤並不是一個局部疾病，手術本身不全能將腫瘤治癒，因此還需要全身的綜合治療。
細胞分級比較高，以及分子分型不好，比如三陰性的或者是合圖陽性的病人，還有就是臨床分期比較晚，比如淋巴結有轉移的病人，這些病人未來發生復發、轉移的風險比較高，也就是說可能在做手術的時候，已經存在轉移到全身其他部位的亞臨床病灶，亞臨床病灶不是靠手術就能去掉，因此就需要進行化療。化療是一種全身治療，將化療藥物輸入到全身，然後就可以將潛在的亞臨床病灶殺滅，對有化療指徵的人採取化療以後，可以明顯的提高遠期的生存率。