腦幹梗死最好的治療方法，是在發病的時間窗內給予溶栓治療，梗死組織周邊存在半暗帶是溶栓治療的基礎。
溶栓治療是目前最重要的恢復血流措施，重組組織型纖溶酶原激活劑，RTPA和尿激酶是我國目前使用的主要溶栓藥物。目前認為有效搶救半暗帶組織的時間窗為使用RTPA溶栓，應在發病後4.5小時以內，使用尿激酶溶栓應在發病後六小時以內。對於無溶栓適應症的患者，應在發病後儘早給予抗血小板聚集治療，抗血小板聚集藥物包括阿司匹林、氯吡格雷和西洛他唑。