腦幹梗死如果是比較小的腔隙性梗死，沒有影響到嚴重的結構，一般可以僅表現為一側的肢體的輕偏癱或者麻木，有些病人還會有頭暈，經過治療以後可以完全緩解，不遺留有任何後遺症狀。當然還要繼續服用抗血小板藥和他汀類的藥物，預防腦幹梗死的復發。
如果腦幹梗死麵積比較大，影響腦呼吸循環中樞，患者可能會出現呼吸循環的問題，可能要藉助呼吸機輔助呼吸。還有病人面積比較大，影響上行網狀激活系統，患者可能會出現昏迷，這類患者預後就非常差，可能在幾天之內就會死亡。因此腦幹梗死根據面積的大小和累及重要結構的不同，它的預後是不同的，比較輕微的腦梗死是完全可以痊癒的。