如果腦幹直接破壞了中樞會直接導致死亡，是腦幹出血最嚴重的後果。如果腦幹出血沒有引發死亡，血腫也會壓迫腦神經，會造成很嚴重的功能殘疾。腦幹血腫會壓迫纖維、阻斷纖維，導致纖維的傳導障礙，引起嚴重的癱瘓，可能引起四肢癱和全部的感覺障礙，比如閉鎖綜合徵，除了眼球能動之外，全身其他的地方都不能動。腦幹出血即便經過搶救存活下來了，也有可能是植物狀態，有可能會遺留有嚴重的癱瘓，只有非常少的一部分人有比較輕的後遺症。