做完腦動脈瘤手術以後可以存在不同的後遺症，與每個人的病情和腦功能的損傷程度有關係。有一部分能夠完全恢復正常，而沒有任何的後遺症。也有一部分可以遺留複視和一側上眼瞼下垂的後遺症。如果在做手術之前已經出現了動脈瘤破裂，有一些可以遺留反應遲鈍、記憶力下降以及智力低下等後遺症，也有一部分可以遺留語言不清、飲水嗆咳和吞嚥困難的後遺症。如果手術過程中導致出現腦血栓形成，可以影響肢體活動，遺留肢體偏癱的後遺症。