顱咽管瘤術後主要併發症包括尿崩症，水電解質紊亂，中樞性高熱，下丘腦垂體，腎上腺軸內分泌紊亂，癲癇，應激性潰瘍和視野障礙等。如果狼液溢出，刺激食管膜或腦膜，還可以引起無菌性腦膜炎，因此要嚴格執行專為顱咽管瘤制定的術後監測並及時處理。除此之外，腫瘤術後要警惕，腫瘤復發可能性，有研究表明，腫瘤全切或次全切術後加以放射治療，腫瘤複發率為20%。患者10年生存率可達85%以上。手術方式，病理類型，腫瘤的大小和所生長的部位，以及術後有無聯合放射治療等綜合治療，併發症等均可影響顱咽管瘤的預後。