生殖細胞瘤的治療由於年齡和部位均差異較大，故治療應充分考慮患者年齡、腫瘤的部位及大小等因素，如對於早期良性生殖細胞瘤可採取手術切除的方式，必要時行淋巴結清掃；對於顱內生殖細胞瘤採取手術時損傷大，腫瘤易擴散，併發症發生率和病死率高，可採取手術聯合化療。
一、藥物治療
聯合應用化療可以延長緩解期並能減少放射治療劑量，化療藥物，如順鉑、博來黴素、異環磷酰胺，但存在口腔黏膜潰瘍、靜脈炎，以及肝腎毒性等不良反應。
二、手術治療
手術治療的目的為明確病理診斷、降低顱內壓和解除神經壓迫，術後輔助放射治療和化療。合併腦積水、顱內壓增高的病人，可先行腦室引流或分流手術。
三、放射治療
放射治療較敏感，最低放射劑量15Gy可見生殖細胞瘤消退。全腦和脊髓照射對腫瘤播散有預防作用。