小兒腸息肉病因有很多種，根據不同的類型而定。大部分為後天性的，比如直腸息肉，又叫幼年型息肉，是由於腸壁炎症刺激，肉芽組織生成，從而堵塞了腺管，使腺管擴張、增生，進而形成息肉。息肉多為良性，若息肉數量少並且小，可不予處理，息肉較大並且較多可予手術切除。少數為先天性，比如發生在小腸部位的息肉，多考慮為色素沉著息肉綜合徵，此為家族性遺傳病變，由常染色體顯性遺傳而來，可癌變，應儘早切除。