對於小頭畸形的孩子一旦確診以後，該進行手術治療的，手術的目的在於擴大顱腔，解除顱內壓高壓，使受壓的腦組織及神經得到發育或者是增長。這個手術越早越好，在六個月以內進行手術干預效果是最好的，一旦出現了視神經的萎縮或者說出現了智能障礙，即便進行手術效果也不會特別的好，功能已經不可能得到恢復的。手術主要是採用兩種方式一種就是切除過早閉合的骨縫，在選擇新的骨縫。第二個就是切除大塊骨質以達到減壓，有利於腦發育。