瞳孔變化是由瞳孔括約肌收縮來改變的，而瞳孔括約肌收縮是由動眼神經支配的。小腦幕切跡疝是顳葉溝回通過小腦幕裂孔疝入到幕下，動眼神經是從中腦發出，然後走行於小腦幕裂孔附近，因此小腦幕切跡疝時動眼神經會受到壓迫，會導致瞳孔的變化。腦疝早期動眼神經只是受到激惹和刺激，因此瞳孔會出現縮小，光反應遲鈍。隨著腦疝的進一步加重，一側的動眼神經受到壓迫，會導致一側瞳孔散大，光反應消失。腦疝晚期，由於顱內壓極度升高，腦幹持續受壓壞死，會導致中腦內的動眼神經核損傷，影響雙側動眼神經，會導致雙側瞳孔散大，光反應消失。