多發腦膿腫首先需要應用抗生素治療，但是大多數的抗生素很難透過血腦屏障，所以對於腦膿腫的效果不好，可以選用美羅培南或者萬古黴素。而膿腫還會刺激導致周圍的腦水腫，所以需要應用一些消腫脫水的藥物，比如甘露醇。同時要進行對症處理，膿腫容易誘發癲癇，如果出現癲癇的話，可以用一些抗癲癇藥物，比如丙戊酸鈉。另外體溫超過38.5度，需要應用退燒藥物，比如布洛芬和退熱栓等。