腦膿腫穿刺不屬於大手術，這只是需要在顱骨上鑽洞，穿刺放置引流管，抽出膿液，然後進行引流。手術相對來說創傷不大，風險也比較小。但是進行穿刺也存在風險，首先穿刺過程中有可能損傷腦血管，導致出現顱內出血。另外也可以損傷腦組織，誘發癲癇，導致出現反覆的肢體抽搐。同時穿刺會有可能導致膿液從穿刺破口擴散到腦內，導致出現腦炎和腦膜炎。