1、直接來自鄰近化膿性病灶的腦膿腫：以慢性化膿性中耳炎或乳突炎併發膽脂瘤引起者最常見，稱耳源性腦膿腫；額竇或篩竇炎可引起同側額葉突面或底面的膿腫，稱鼻源性腦膿腫；蝶竇炎可引起鞍區或顳葉、腦幹等膿腫；頭皮癤癰、顱骨骨髓炎等也可直接蔓延至顱內，形成腦膿腫。
2、血源性腦膿腫：多因膿毒血癥或遠處感染灶經血行播散到腦內而形成，如原發感染灶為胸部化膿性疾病，如膿胸、肺膿腫等，稱為肺源性腦膿腫；心臟疾病，如細菌性心內膜炎、先天性心臟病等引起者稱為心源性腦膿腫；骨髓炎、牙周膿腫，腹腔、盆腔感染等均可成為感染源；在小兒有些紫紺型先天性心臟病，如動脈導管未閉、肺動靜脈瘻、房間隔缺損、室間隔缺損，先天性紫紺四聯症等均易併發腦膿腫。
3、創傷性腦膿腫：在開放性顱腦損傷中，膿腫常與異物和碎骨片進入腦實質有關，細菌也可從骨折裂縫侵入。
4、醫源性腦膿腫：因顱腦手術後感染所引起，佔0.06%~0.2%，如發生於開顱術、經蝶或篩竇手術、立體定向術、腦室分流術後感染。
5、隱源性腦膿腫：佔10%~35%，來源不明，大多在手術探查時發現。