阿莫西林沒有在泌尿系統感染的推薦藥物中，但是阿莫西林屬於青黴素類抗生素，其作用也可以針對泌尿系統感染，主要是針對大腸埃希菌、變形桿菌和糞腸球菌引起來的泌尿系統感染。
尿路感染最多見的是單純性尿道感染，單純性尿路感染可分為急性單純性膀胱炎和急性單純性腎盂腎炎。對於急性單純性膀胱炎，目前推薦抗菌藥物是磷黴素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹諾酮類、第二代和第三代的頭孢類抗生素。
絕大多數急性單純性膀胱炎患者經過單劑療法或者三日療法治療後，尿菌可轉陰。對於急性單純性腎盂腎炎的抗菌素選擇，可以考慮第三代喹諾酮類抗生素，如左氧氟沙星。半合成廣譜青黴素，如哌拉西林，第三代頭孢菌素，如頭孢他啶。