對於5-6cm的腎囊腫，一般需要手術治療。對於腎囊腫，如果直徑在4cm以上，通常建議患者採用手術干預。常用的手術方式有兩種，如下：
一、腹腔鏡腎囊腫去頂術，這種手術屬於微創手術，但是需要在全麻下進行，通過腹腔鏡找到腎囊腫，將腎囊腫的囊腫壁頂部切掉一部分，這樣囊腫就能夠充分敞開，以後囊腫就不會再長。
二、做腎囊腫穿刺引流，加硬化劑注射治療。可以在B超引導下，用一個長穿刺針穿入腎囊腫之內，將囊液抽出來，再在囊腫內打入少量的藥物，使得不同的囊腫壁兩層之間粘在一起，這種情況下囊腫也不會復發。
建議4cm以上的腎囊腫進行手術治療，上述是手術治療的常用方式。