尿結石的診斷依賴於臨床症狀表現和相關的檢查，在尿結石發生後，如上尿路結石，可以感覺到腰部和肋脊角的疼痛症狀。這種疼痛在腎結石可以表現為隱痛或者鈍痛，也可以表現為無症狀。在輸尿管結石內，可以表現為突發的刀割樣疼痛，疼痛劇烈，並向下腹部放射，患者可以出現肉眼血尿或者鏡下血尿。
當結石進入輸尿管末段時，可以引起膀胱刺激症狀，由於結石刺激可引起噁心、嘔吐等症狀。當出現這類症狀進行相關的檢查，包括B超、腹平片、靜脈尿路造影、CT、磁共振水成像等可以明確診斷。有一部分結石，尤其是腎結石，無明顯症狀，多在查體時發現。