結石過大難以自行排出就需要碎石治療，碎石治療的適應症包括結石直徑≥7mm，結石造成尿路梗阻、感染、腎功能損害等，碎石治療的方法包括體外衝擊波碎石、輸尿管鏡碎石、經皮腎鏡取石和逆行輸尿管軟鏡碎石。體外衝擊波碎石的適應症是直徑≥7mm的腎結石，對於直徑在7-20mm大小的各種成分腎結石，並且不合並腎積水和感染者，體外衝擊波碎石是一線治療。對於直徑大約20mm的腎結石，體外碎石雖然能夠成功碎石，但存在碎石次數多、排石問題多的缺點，因此一般結石超過20mm的結石考慮應用經皮腎鏡的方式。
經皮腎鏡的適應症各種結石都可經過皮腎鏡來治療，對於直徑>20mm的腎結石和大於15mm的腎下結石是一線治療，包括體外衝擊波碎石難以擊碎的直徑<20mm的腎結石，腎結石合併腎積水，還有胱氨酸結石，有症狀的腎盞或憩室內結石，蹄鐵形結石和移植腎合併結石，鹿角形腎結石，目前可以應用輸尿管軟鏡技術來治療腎結石，適應症為直徑<20mm的腎結石，尤其適用於體外衝擊波碎石定位困難的X線陰性的腎結石。體外衝擊波碎石治療效果不好的結石，極度肥胖、嚴重脊柱畸形建立經皮腎通道困難者，均可採用輸尿管軟鏡碎石。