尿道結石的治療應根據尿道結石的大小、形態、部位，尿道局部病變以及有無併發症等情況決定，可以採用自行排石、尿道內注入麻醉潤滑劑協助排石、尿道內原位或推入膀胱內型腔內碎石，或開放性的切開取石等多種方法。
對於新進入尿道較小的尿道結石，結石有自行排出的可能，或者經尿道注入利多卡因凝膠及其它潤滑劑，將結石擠出。前尿道的結石可以經止血鉗夾出，但切忌粗暴操作。後尿道的結石可先推至膀胱再行碎石治療，如果結石過大，固定於後尿道不能推入膀胱，則考慮行內鏡下經尿道的鈥激光碎石術，具有損傷小、成功率高、併發症少的優點。開放性的手術僅適用於合併有尿道憩室，尿道狹窄、膿腫，尿道瘻等尿道、生殖道解剖異常的病例，以及醫療條件較差，無法實施腔內技術的地區。