男性的泌尿系統感染常用的是抗生素，如果全身感染而且症狀比較嚴重，比如有發燒、血常規白細胞增多，可以靜脈給予抗生素，常用的有頭孢類、喹諾酮類等。一般輸液5-7天，控制急性感染症狀以後，可以改用口服藥物。如果是不太嚴重的局部感染，比如尿道炎，給予口服的抗生素就足夠了，比如常用的有頭孢類、喹諾酮類、四環素類，都屬於廣譜抗生素，一般服藥1-2周，可能就可以治癒。一般要等到臨床症狀完全消失、尿常規檢查白細胞完全轉陰，才認為是治癒。
男性的泌尿系統感染其實還比較少見，一般都有誘因，比如上尿路感染可能跟結石或者先天畸形有關係，下尿路感染可能跟不潔的性生活或者尿道內異物等有關係。尿路感染常見的還是下尿路感染，比如尿道炎、膀胱炎，尤其是尿道炎，跟不潔的性生活可能有關係，像常見的非淋、淋病都是跟不潔性生活相關的。患者常表現為尿頻、尿道疼痛、尿道灼熱、分泌物，有些嚴重的可能會出現發燒、血尿的情況。當然感染也可以逆行到膀胱而引起膀胱炎，但是男性相對還是比較少見的。