治療泌尿系統感染的藥物有很多，通常來說臨床應用的藥物主要包括中藥和西藥。中藥常用的藥物有熱淋清顆粒，寧泌泰膠囊，銀花泌炎靈片等。而西藥常用的藥物有頭孢類，青黴素類及喹諾酮類藥物，比較常見的藥物有頭孢克洛，氨苄青黴素及左氧氟沙星等。如果尿路感染反覆復發或者治療效果不佳，患者可以行尿培養及藥物敏感試驗，根據這個結果選擇更加合適的藥物。