莫匹羅星軟膏可以用來治療急性細菌性表淺性包皮龜頭炎。這個名稱診斷起來很難，其實莫匹羅星可以簡單把它記憶成可以用來治療臨床絕大多數的包皮龜頭炎。這一類男生往往包皮過長或者包莖，局部又不注重個人衛生，包皮垢就沉積在包皮和龜頭之間。包皮垢藏汙納垢，那麼裡面的組成成分主要是包皮龜頭皮膚分泌的皮脂、皮膚脫落物以及尿鹼。這裡面常見的細菌，像大腸桿菌、金黃色葡萄球菌，可能會汙染包皮龜頭的皮膚，造成細菌性的感染。由於這是一個表淺的細菌感染，採用莫匹羅星抗生素軟膏往往會有很好的療效。