甲硝唑軟膏可以應用來治療包皮龜頭炎，但是針對的是滴蟲型包皮龜頭炎。包皮龜頭炎最常見的是感染性包皮龜頭炎，而感染性包皮龜頭炎的致病病原微生物有多種，包括白色念珠菌、支原體、衣原體、滴蟲和各種細菌。無論哪種病原微生物致病，治療的根本原則一致，就是抗菌消炎、內外兼治，選擇合適的外用藥物和口服藥物。
甲硝唑主要針對的是滴蟲性包皮龜頭炎，通常在滴蟲性包皮龜頭炎的治療當中，首選甲硝唑口服。外用的藥物主要是乳酸溶液、醋酸溶液，或者高錳酸鉀溶液清洗龜頭和包皮內側，而甲硝唑軟膏也是針對滴蟲進行治療，所以在治療當中也可以選擇甲硝唑軟膏塗抹局部。