男性結紮的副作用較小，術後可能發生的疼痛、出血、感染是短期內最常見的副作用，但是一般發生率較低。長期的副作用有結紮局部痛性結節，是指術後一個月以上，在結紮部位可摸到硬結，並有局部的壓痛，原因可能是是結紮線頭和感染所致的慢性炎症、精液肉芽腫或神經纖維瘤樣增生性結節。此外，還有很低的幾率會出現附睪淤積症，是由於輸尿管阻斷後產生的精子不能及時排出，淤積在附睪內，引起附睪的阻塞症狀。