胃食管反流病有兩種主要併發症，一是食管狹窄，二是食管腺癌。事實上，在我們的臨床中，這兩種併發症的發生率並不是很高。食管狹窄是一種長期的胃食管反流性疾病，它對食管形成長期損害，如潰瘍和長期嚴重糜爛，導致食管黏膜不可逆纖維化，導致食管狹窄；另一種是胃食管反流病，在這種疾病中，一些人形成了巴瑞特食管。胃粘膜生長到食道里面，經過很長一段時間，這部分人可能會病發異性增生，這可能會慢慢發展為食管癌。