嬰兒尿路梗阻有可能是因為泌尿系統感染，先天性的尿路發育異常，比如說輸尿管狹窄，尿道瓣膜異常都有可能會引發尿路梗阻，導致排尿不暢。也有可能是存在膀胱畸形，先天性重複膀胱導致的。另外腎盂輸尿管連接處粘連，腎臟畸形，蹄鐵形腎，腎異位導致尿液引流不暢，也是嬰兒尿路梗的常見原因之一，除此之外盆腔和泌尿系統腫瘤也可能會引起，但是臨床上比較少見。