細菌性尿道炎最常見的是大腸埃希菌、糞腸球菌或屎腸球菌引起的尿路感染，需要口服磷黴素氨丁三醇散治療。磷黴素氨丁三醇散對大腸埃希菌目前沒有發生耐藥現象，所以細菌性尿道炎首選磷黴素氨丁三醇散。細菌性尿道炎還可以口服莫西沙星，莫西沙星是喹諾酮類新一代抗生素，口服莫西沙星一週左右病人的症狀會得到明顯好轉。細菌性尿道炎還可以口服滅滴靈治療，滅滴靈也稱甲硝唑，對尿路的多種致病菌有明顯的治療效果，對滴蟲和厭氧菌也有明顯的治療作用。