阿奇黴素在臨床上主要是治療非淋尿道炎，也就是支原體、衣原體所引起的尿道炎。阿奇黴素不推薦治療普通細菌引起的疾病，比如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌所造成的尿道炎，也不能治療淋球菌造成的淋病，對於淋球菌的尿道炎也不推薦進行治療。
支原體、衣原體是介於細菌和病毒之間的病原微生物，其導致的尿道炎，除了有一般尿道炎所具有的尿頻、尿急、尿痛症狀之外，更重要的還有尿道外口分泌物增加，這種分泌物往往顏色比較清亮，還有一種表現是尿道外口出現瘙癢。治療上首選大環內酯類抗生素，包括阿奇黴素，治療的療程需要看具體病情的輕重程度而定。在治療期間，一般囑患者飲食清淡，多喝水，不要喝酒，不要吃過於辛辣的食物。