阿奇黴素這類藥物，對於支原體、衣原體所導致的非淋菌性尿道炎具有一定的效果，可以改善臨床的尿頻、尿急、尿痛的症狀。對於其它的細菌和微生物感染，可能需要進行針對藥物相關的敏感試驗，來選擇適宜的抗生素來進行使用，通常可以選擇磷黴素、呋喃妥因，或者氟喹諾酮類的藥物，也可以選擇頭孢或者青黴素類的藥物。
對於反覆發作的尿道炎，需要完善相應的檢查來治療原發疾病，比如是否存在腫瘤、結石、結核等相關的病變，需要針對原發疾病進行控制來治療尿道炎，尤其是複雜性的尿路感染。