1、食管pH值監測：食管pH監測24小時動態食管下端pH監測，可根據參數判斷嬰幼兒胃食管反流及療效。被認為是診斷胃食管反流的“金標準”，目前常結合生物電阻抗判斷非酸反流和氣流反流。
2、電子胃鏡：能直觀判斷食管黏膜病變程度及有無Barrett食管。
3、食管測壓：能顯示食管括約肌壓力低下、頻發的食管括約肌一過性鬆弛及食管蠕動收縮波幅低下或消失。食管測壓僅推薦用於治療前和術前評估，不建議作為Barrett食管的診斷依據。
4、上消化道鋇餐造影：主要用於排除食管裂孔疝、賁門失弛緩症、胃扭轉等等疾病，不建議作為嬰幼兒胃食管反流的診斷依據。
5、胃食管放射性核素閃爍掃描：放射性核素掃描患兒吞服99mTc標記液體，定時γ照相，可觀察食管廓清、胃食管反流、胃排空。肺內核素增強時表示反流是肺部病變原因，多用於科研，臨床少用。