陰莖水腫是由不同的原因所造成，所以想要消除，先要找到病因再進行治療，具體如下：
第一、最常見的水腫原因是由於嵌頓包莖所致，也就是包皮上翻時沒有及時翻回而出現嵌頓，淋巴迴流障礙而造成包皮嚴重的水腫。這種情況應該迅速將包皮翻回原位，水腫會慢慢消失。但是如果出現包皮發紅、發紫，甚至出現破潰，就要及時到醫院請醫生幫助，將嵌頓包莖復位，必要時可以進行手術治療。
第二、由於感染所致，感染的時候由於細菌影響，而導致水腫、紅腫、疼痛、分泌物增多等等情況，建議局部進行清洗，可以口服抗菌素、局部外塗抗生素藥膏。如果是黴菌所致，可以應用抗黴菌的藥膏外塗。
第三、見於全身性水腫，由於會陰部位皮膚鬆弛，因此往往是全身性水腫的一部分，例如低蛋白血癥、淋巴迴流障礙、低鈉血癥、營養不良，以及腫瘤晚期出現的惡液質等等，也都可以造成會陰部的水腫，就要治療原發病，單純消除水腫沒有意義。
第四、見於過敏的情況，比如食物、藥物、針織物品等等過敏，會出現陰莖水腫的反應，可以應用抗過敏藥物來消除陰莖水腫。