任何手術都會有一定的危險性，小兒三房心手術也是一樣的，術後容易出現嚴重肺靜脈高壓、肺水腫等併發症。因此建議手術最好是到正規的公立醫院進行，且由有經驗的醫生在進行操刀；術前應該要做個詳細的身體檢查，確認患者的體質是否可以承受住該手術，這樣可以降低風險性。雖然有一定的風險，但是目前手術都已經非常成熟，所以父母也不用太過擔心。