卵圓孔未閉絕大多數是先天性的。在胎兒出生後，相當多的一部分兒童可能出現卵圓孔未閉，隨著胎兒的逐漸成長，其中大部分可以發生閉合，少部分終生遺留有卵圓孔未閉。而長期卵圓孔未閉的患者，可能因為左右心血液的流通導致反常栓塞，或者是較嚴重的偏頭痛等症狀，需要對未閉的卵圓孔進行封堵。另外也有一部分患者做了房間隔穿刺，如房顫手術等，可能會遺留有卵圓孔未閉，這種就是手術操作相關性的卵圓孔未閉。