大多數的卵圓孔未閉的患者沒有很明確的症狀，但有一部分患者可能出現頑固性的偏頭疼，或者是反常栓塞症狀。原因是當卵圓孔未閉時，可能有血液從右心繫統經未閉的卵圓孔到達左心繫統，而右心繫統血液5-羥色胺，緩激肽等成分較多，直接進入左心繫統經血液循環到達腦內，引起嚴重的偏頭疼的症狀。另外在屏氣等情況時有一些右心繫統的栓塞，比如靜脈血栓可以通過未閉的卵圓孔到達左心繫統，栓塞至腦部，可引起反常栓塞的症狀。