在進行心臟射頻消融手術的過程中，如果是複雜的心律失常很有可能會出現後遺症，在手術結束之後局部的穿刺部位有可能會出現血腫和穿刺部位的血管滲血。因為射頻消融術要穿刺房間隔，很有可能會穿到房壁，就會導致患者可能會出現遲發性的心包積液，甚至遲發性心包填塞的可能。不僅如此在射頻消融的過程中很有可能會出現心房的滲漏，而這種併發症也會導致心包填塞，甚至有個別的患者會出現心房和食管的穿孔。而這種併發症以及後遺症，就可能會導致患者出現死亡的情況。