心臟搭橋的弊端是手術創傷大，併發症較嚴重。由於心臟搭橋大多需要開胸手術，而且需要取下肢靜脈或上肢動脈，手術切口多，手術創傷大。心臟搭橋術後最多的併發症是心功能不全，心功能衰竭，室性心律失常，這些都可以導致病人死亡。但需要做心臟搭橋的病人大多是冠脈病變非常嚴重，風險也極高的，所以相對於疾病本身的風險和弊端，搭橋手術的弊端是相對較小的。