吃完早飯就拉肚子常常有三種原因，飲食的原因，在平時早餐的時候吃了，如牛奶、咖啡、檸檬水等，可以導致快速的腹瀉，因為這類的人體內缺乏消化乳糖酶，導致牛奶的乳糖不能及時消化、分解，引起非感染性的腹瀉，或稱為乳糖不耐受症。還有些人早餐喝咖啡可以刺激胃蠕動，增加腸道的水分，導致拉肚子。
由於腸功能紊亂，進早餐後或者一天的工作開始，導致腸道的敏感性增加，患者需要排便後能夠安心的工作，也就是臨床上常說的腸易激綜合徵。由於慢性膽囊炎、膽囊結石，在進早餐後由於膽汁排泌不暢，或缺乏膽汁的消化功能，導致食物很快進入腸道，引起腸道的水分增加，出現拉肚子。針對不同的病因，可以做相關的檢查，進一步的明確診斷。