小腿血栓的治療方法不完全相同，小腿的肌間靜脈血栓、深靜脈血栓，可能繼續向大腿蔓延，所以這兩種血栓應該進行抗凝治療，控制向上發展，不一定需要手術治療。小腿的淺靜脈血栓危險性不大，主要是有疼痛，主要是對症處理。一部分小腿的淺靜脈血栓併發有感染炎症，建議在控制炎症和感染後施行手術切除，否則以後可能會反覆感染。