門靜脈栓塞的患者，早期主要是應用肝素抗凝治療，是可以阻止血凝塊的擴散。如果是急性期，可以應用溶栓治療，主要是應用尿激酶，可使門靜脈主幹道再通。對於短期內的急性門靜脈血栓形成，要儘早的行門靜脈切開取栓術。如果是腸繫膜血栓，形成患者有腸壞死時，要行腸切除，這是唯一的治療方法，術後要持續應用康寧藥物預防血栓再次形成。