引起肛周膿腫的原因很多，嬰兒出現肛周膿腫多為男性，考慮出生不久體內雄激素過高加上腹瀉導致的。成人常見的原因是也是腹瀉，腸鏡檢查可見結直腸炎、潰瘍性結腸炎、克羅恩病，加飲酒吃辛辣食物導致腸道出現炎症反應。稀便可進入肛隱窩刺激肛門腺體，人體抵禦細菌能力下降，細菌進入腺體引起感染化膿，向周邊擴散就形成紅腫熱痛的症狀。