肛周膿腫和肛瘻均屬於肛周感染性疾病，有時候肛周膿腫和肛瘻密切相關，尤其是遷延不愈、反覆發作的肛周膿腫，一定要考慮是否出現了肛瘻，對於肛周膿腫的治療，只要形成膿腫，不管其發生原因是淺表的軟組織感染還是由肛瘻造成的局部膿腫，都應進行膿腫的切開引流。這樣才能減輕局部軟組織感染症狀，緩解發熱、白細胞升高等全身反應。
如果診斷為肛漏，就要進行肛瘻的切開，這樣使新生肉芽組織由內向外生成，才能使肛瘻徹底痊癒。如果肛周膿腫是表淺軟組織的感染造成，一般切開引流手術以後的7-10天，傷口便可以癒合，甚至痊癒。如果是肛瘻，又分為高位肛瘻、低位肛瘻、複雜肛瘻和簡單肛瘻，不同的瘻管情況，手術以後的癒合時間也有較大差別。一般來說，肛瘻在切開以後2-3周左右可以初步癒合，具體的癒合時間和治療方法，要根據肛周膿腫和肛瘻的情況來具體決定。