肛周膿腫的手術，臨床上有兩種手術方式，一種是肛周膿腫切開引流術，另一種稱為肛周膿腫一次性根治術。後者與前者比較，其優勢是形成肛瘻的幾率明顯降低。以後者為例，其手術過程如下：第一步，是皮膚消毒。病人取側臥位或截石位，肛門及其周圍會陰部皮膚用碘伏消毒液塗擦消毒。第二步，是切口，在病灶有波動感區域切開，將膿液排出，膿腔內用雙氧水、碘伏消毒液沖洗乾淨。第三步，是掛線，找到膿腫的內口，進行掛線，促進傷口引流。完成手術。