肛瘻的治療原則主要是手術去除瘻管，切除內口，引流分泌物，注意瘻管和肛門括約肌間的關係，瞭解括約肌的靜脈張力和肛門隨意收縮的強度，防止術後肛門功能不良。具體的手術方法有掛線療法、瘻切除術、主灶切除對口引流法、瘻切開術、瘻切除術一期縫合手術等方法。具體選擇哪一種手術方法，需要結合瘻的實際情況、內口的位置、瘻管有無彎曲和分叉等考慮。