肛瘻症狀表現為初起肛門腫痛不適，隨後出現破潰、流出黃白色稠狀膿液、腫痛緩解。飲酒及進食辛辣食物刺激後，可再次引起肛周腫塊隆起伴疼痛流膿的症狀，內褲常有分泌物、有異味，容易反覆發作。長期流膿的肛瘻患者疼痛不明顯，但會刺激肛周皮膚引起肛周潮溼、瘙癢，給生活帶來不便。檢查可觸及肛旁有腫塊，疼痛發作時腫塊增大，緩解期則縮小不能完全消失。