肛瘻由肛周膿腫發展而來，肛周膿腫是肛腺感染引起的。肛腺感染後會引起肛周紅腫熱痛等局部症狀，形成肛周膿腫。如果肛周膿腫做切開引流術或者自行破潰，膿液流出，壓力就會減輕，症狀就會緩解。在半個月到三個月後，於感染肛腺和破潰口之間形成一條纖維化管道，就是肛瘻。肛瘻急性期可能出現肛周疼痛症狀，並伴有膿血性分泌物，應該手術治療。