膈下食管憩室目前還無有效的預防措施，故有可疑症狀時，如噁心、嘔吐、上腹部或劍突處疼痛、體重明顯減輕，既往有胃食管反流或賁門失弛緩症病史，應及時進行檢查，達到早發現、早診斷、早治療的目的。
儘管膈下食管憩室目前並無有效的預防措施，但是日常生活中保持良好的作息習慣，避免進食過熱或過冷的食物仍然可以預防併發的食道感染性疾病。如果有食管、膈肌的其他疾病，出現該病症狀後應及時前往醫院進行檢查。