膈下食管憩室最典型的臨床症狀為上腹部或劍突下的疼痛，可向背部放射，疼痛可在進食後加劇。由於不斷的進食，從而導致憩室內食物的堆積並且下墜，嘔吐也是常見的臨床症狀，若嘔吐物中含有未消化的食物，還可引起上腹部的燒灼感。
一、典型症狀
1、上腹部或劍突的疼痛：疼痛的部位發生於上腹部或劍突處，疼痛的原因可能與食管壁的牽拉有關，可向背部放射，持續時間較長，取仰臥位或右側臥位時疼痛可緩解。
2、噁心、嘔吐：由於食管憩室的存在，進食時可在此處沉積並引起下墜，不利於沉積物的排出，也可加重上腹部的疼痛，出現噁心的感覺，部分患者會出現嘔吐的症狀。
3、食物反流：憩室稍大或引流不暢時可出現食物反流，吐出數小時前或隔日食渣、夜間反流可引起吸入性支氣管炎或肺炎。憩室繼續增大可壓迫食管，可致吞嚥困難和嚴重食管梗阻。
二、其他症狀
常由於進食經常發生反流與嘔吐，患者還可出現吞嚥困難的症狀，長此以往可出現消瘦、營養不良等體徵，部分患者還可出現口臭、食慾不振等症狀。