先天性食管憩室的典型症狀包括嬰兒餵養差、進食困難、食物反流，當憩室較大時，可有不同程度的胸骨後悶脹、燒灼感。憩室有出血時，可有嘔血及黑便。先天性食管憩室可導致炎症感染、食管憩室穿孔、支氣管食管瘻的併發症。
一、典型症狀
1、嬰兒餵養差：患兒因先天性食管憩室影響進食，出現拒食，進食時哭鬧不安。患兒生長發育延遲，身高和體重低於正常同齡兒童。
2、進食困難：患兒出現吞嚥困難，表現為食物不易嚥下，持續存在於口咽部。患兒吞嚥時出現呼吸困難，伴有流涎。
3、食物反流：較大的憩室會出現食物瀦留，平臥或夜間憩室內容物反流至口內，腐臭食物反流導致患兒有口臭。飲水時喉部有水氣混雜音，易出現誤吸和嗆咳。
二、其他症狀
當憩室較大時，可有不同程度的胸骨後悶脹、燒灼感。憩室有出血時，可有嘔血及黑便。