直腸脫垂的治療分情況，幼兒直腸脫垂以保守治療為主，因為幼兒發育不完全，有望自愈，保守治療主要是便後用手將直腸復位，然後趴臥在床上用膠布固定雙臀；成人直腸黏膜脫垂多采用硬化劑注射治療，但是也容易復發，可先試用觀察療效；若直腸完全脫垂則以手術治療為主。在此同時要積極治療病因，如改變便秘，久坐馬桶的習慣，咳嗽（會增高腹腔壓力）等。