肝臟雖然是免疫豁免器官，但是移植後肝臟還是有可能會出現排斥反應。肝移植排斥反應也是以細胞介導為主，抗體介導為輔，在臨床上分為超急性排斥反應、急性排斥反應和慢性排斥反應，其中以急性排斥反應最為多見。超急性排斥反應多發生在移植術後24小時之內，臨床非常罕見，主要表現為壞死性血管炎，移植肝臟功能喪失，這主要是由於受者體內存在著抗HLA抗體，因此術前的篩選是非常重要的。急性排斥反應主要發生在移植術後的一週或者數月內，大多數的可以通過增加免疫抑制劑的劑量得到很好的緩解。慢性排斥反應主要發生在移植術後的數月以及數年內，主要表現為移植的肝臟功能逐漸喪失，有可能需要再次行移植手術。