肝移植其主要的適應症是進行性、不可逆性和致死性終末期肝病，沒有其他有效的臨床治療方法。其主要是包括先天性膽道閉鎖，肝豆狀核變性，抗胰蛋白酶缺乏症，糖原積累症，血紅蛋白沉積症，多囊肝病毒性和酒精性肝硬化，暴發性肝功能衰竭，難復性肝外傷等。而一些惡性腫瘤也可以考慮進行肝移植，主要是早期原發性肝癌，但是應當嚴格掌握標準。目前的標準包括米蘭標準和我國的杭州標準。